בזמן שבית המקדש היה קיים, פרה אדומה הייתה האמצעי המטהר לכל מי שנטמא בטומאת מת – הטומאה החמורה ביותר, העוברת דרך מגע או שהות באותו החלל עם אדם מת. בסטטוס הנוכחי ועד שיטוהר, אסור לאותו אדם להגיע אל בית המקדש או לאכול מקורבן הפסח.
בטקס היטהרות ייחודי הכולל הזאת מים (הנקראים "מי חטאת") שהתקבלו משריפת פרה אדומה, האדם נטהר מטומאתו. זוהי אחת המצוות הנחשבות ל"חוקים", כלומר, אין סיבה הגיונית גלויה לקיומן.