פדיון כפרות מחליף את מנהג תרנגול הכפרות בערב יום כיפור שבמסגרתו שוחטים תרנגול כדי שתמורתו יידון האדם לחיים טובים ולשלום. במקור התרנגול השחוט היה ניתן כצדקה לעניים או שהיה נפדה בכסף שניתן לעניים: היו מחליפים את התרנגול בכסף, מסובבים אותו מעל הראש שלוש פעמים ואומרים: “זֶה חֲלִיפָתִי, זֶה תְּמוּרָתִי, זֶה כַּפָּרָתִי. זֶה הַכֶּסֶף יֵלֵךְ לִצְדָקָה [במקום: זה הַתַּרְנְגוֹל יֵלֵךְ לְמִיתָה] וַאֲנִי אֵלֵךְ לְחַיִּים טוֹבִים אֲרֻכִּים וּלְשָׁלוֹם”.
סביב מנהג תרנגול הכפרות התפתח פולמוס רבני, וכנגד תומכים בולטים במנהג כמו הרמ”א, הרא”ש והאר”י קמו לו גם מתנגדים חריפים ובהם הרמב”ן, הרשב”א ורבי יוסף קארו בעל השולחן ערוך. לכן, רבים כיום תורמים את הכסף ישירות לעניים ומוותרים על השחיטה. במקביל מתרבים הקולות – הן של ארגוני זכויות בעלי חיים והן של רבנים ופוליטיקאים – להפסיק לחלוטין את שחיטת התרנגול בערב יום הכיפורים, ולהחליפו בפדיון כפרות.