סדר ההקפות בבית הכנסת מורכב ממספר שלבים קבועים המופיעים בסידור ובמחזור, והוא משלב פסוקי שבח, הוצאת ספרי התורה, ופיוט המבוסס על סדר האלף-בית. בטרם פתיחת ארון הקודש, קוראים פסוקי שבח, כשהחזן קורא והקהל חוזר אחריו. המרכזיים שבהם הם: "אַתָּה הָרְאֵתָ לָדַעַת, כִּי ה' הוּא הָאֱלֹהִים, אֵין עוֹד מִלְבַדּוֹ", "לְעֹשֵׂה נִפְלָאוֹת גְּדֹלוֹת לְבַדּוֹ, כִּי לְעוֹלָם חַסְדּוֹ", "אֵין כָּמוֹךָ בָאֱלֹהִים אֲדֹנָי, וְאֵין כְּמַעֲשֶׂיךָ", "מַלְכוּתְךָ מַלְכוּת כָּל עֹלָמִים, וּמֶמְשֶׁלְתְּךָ בְּכָל דּוֹר וָדוֹר", "ה' מֶלֶךְ, ה' מָלָךְ, ה' יִמְלֹךְ לְעֹלָם וָעֶד", "ה' עֹז לְעַמּוֹ יִתֵּן, ה' יְבָרֵךְ אֶת עַמּוֹ בַשָּׁלוֹם", וכן "כִּי מִצִּיּוֹן תֵּצֵא תוֹרָה, וּדְבַר ה' מִירוּשָׁלִָם".
עם פתיחת הארון והוצאת כל ספרי התורה, אומרים: "וַיְהִי בִּנְסֹעַ הָאָרֹן וַיֹּאמֶר מֹשֶׁה, קוּמָה ה' וְיָפֻצוּ אֹיְבֶיךָ וְיָנֻסוּ מְשַׂנְאֶיךָ מִפָּנֶיךָ", ולאחר מכן "שְׁמַע יִשְׂרָאֵל, ה' אֱלֹהֵינוּ, ה' אֶחָד" וההכרזה "אֶחָד אֱלֹהֵינוּ, גָּדוֹל אֲדוֹנֵינוּ, קָדוֹשׁ וְנוֹרָא שְׁמוֹ". בשלב זה ניגשים לשבע ההקפות. לפני כל אחת משבע ההקפות, הקהל מתחיל בבקשות היסוד הלקוחות מתפילת ההלל: "אָנָּא ה' הוֹשִׁיעָה נָּא! אָנָּא ה' הַצְלִיחָה נָּא! אָנָּא ה' עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנו!".
לאחר מכן נאמר הפיוט "אלוהי הרוחות" לפי סדר האלף-בית, המחולק בין כל ההקפות, כשהחזן מקריא והקהל עונה: בהקפה הראשונה אומרים "אֱלֹהֵי הָרוּחוֹת – הוֹשִׁיעָה נָּא! בּוֹחֵן לְבָבוֹת – הַצְלִיחָה נָּא! גּוֹאֵל חָזָק – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ! דּוֹבֵר צְדָקוֹת – הוֹשִׁיעָה נָּא!". בהקפה השנייה ממשיכים: "הָדוּר בִּלְבוּשׁוֹ – הַצְלִיחָה נָּא! וָתִיק וְחָסִיד – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ! זַךְ וְיָשָׁר – הוֹשִׁיעָה נָּא! חוֹמֵל דַּלִּים – הַצְלִיחָה נָּא!". בהקפה השלישית נאמר: "טוֹב וּמֵטִיב – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ! יוֹדֵעַ מַחֲשָׁבוֹת – הוֹשִׁיעָה נָּא! כַּבִּיר וְנָאוֹר – הַצְלִיחָה נָּא! לוֹבֵשׁ צְדָקוֹת – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ!". בהקפה הרביעית: "מֶלֶךְ עוֹלָמִים – הוֹשִׁיעָה נָּא! נָאוֹר וְאַדִּיר – הַצְלִיחָה נָּא! סוֹמֵךְ נוֹפְלִים – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ! עוֹזֵר אֶבְיוֹנִים – הוֹשִׁיעָה נָּא!". בהקפה החמישית: "פּוֹדֶה וּמַצִּיל – הַצְלִיחָה נָּא! צוֹפֶה עֲתִידוֹת – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ! קָדוֹשׁ מִכָּל קְדוֹשִׁים – הוֹשִׁיעָה נָּא! רַחוּם וְחַנּוּן – הַצְלִיחָה נָּא!". בהקפה השישית: "שׁוֹמֵר בְּרִית – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ! תּוֹמֵךְ תְּמִימִים – הוֹשִׁיעָה נָּא! תַּקִּיף וּמְרוֹמָם – הַצְלִיחָה נָּא!". לבסוף, בהקפה השביעית מסיימים: "תָּמִים בְּמַעֲשָׂיו – עֲנֵנוּ בְיוֹם קָרְאֵנוּ!", ובה נהוג בקהילות רבות להוסיף פיוטים נוספים לשמחת תורה. מיד לאחר אמירת הנוסח לכל הקפה, יוצא הקהל להקפה עצמה, המלווה בפיוטים שונים כגון "מפי אל" ו"אגיל ואשמח".